Ayant débuté chez les pros au Fortuna Sittard, Mark Van Bommel aura successivement porté les couleurs du PSV Eindhoven (6 ans), du FC Barcelone (2005-2006) avant de rejoindre le Bayern (2006-2011). Il terminera sa carrière par l’AC Milan (1 saison) avant de raccrocher définitivement les crampons au PSV en 2013. Il sera champion dans chaque pays (une seule fois en Espagne et une seule fois en Italie). Son passage en Espagne restera un échec (souvent sur le banc) mais il remportera la ligue de champions avec les catalans de Guardiola en 2006, et sera finaliste de cette même compétition avec le Bayern en 2010 vs Inter Milan, année où il sera également finaliste du Mondial sud africain reporté par l’Espagne, les Pays-Bas étant alors entrainés par Bert van Marwijk qui n’est autre que son beau-père.
Athlétique, et plaque tournante de son équipe, il brille par ses qualités de passe, la puissance de ses frappes et ses qualités de meneur d’hommes. A ce titre, il deviendra le 1er capitaine non allemand du Bayern au début de la saison 2008/2009. Avec le Bayern il sera sacré 2 fois champion, remportera 2 coupes d’Allemagne, 1 coupe de la ligue. Il connaitra aussi 6 entraineurs en 5 saisons : Magath, Hitzfeld, Klinsmann, Heynckes, van Gaal et Joncker ce qui correspond aux périodes troublées du Bayern (Magath, Klinsmann et van Gaal étant licenciés en cours de saison).
Rugueux, aggressif, le néerlandais ne laisse aucun observateur indifférent : on aime ou on déteste. Ses attitudes sur le terrain pouvaient ne pas être glorieuses (nombreuses fautes, fautes intelligentes et parfois méchante, il pouvait avoir le surnom de « faucheuse ») mais une des images que restera parmi tant d’autres, est celle du bras d’honneur à Madrid (2007) après avoir marqué un but entrainant l’élimination du club merengue à la 88ème. Sur ce même match Brazzo Salilhamidzic avait lui été accusé d’avoir craché sur des supporters du Réal… Le lyonnais Juninho avait lui été découpé par le même Mark van Bommel alors au PSV (2005). Le même Mark van Bommel avait récidivé en Bundesliga face au HSV cette fois (2008) avec un nouveau bras d’honneur honteux. Régulièrement sanctionné et expulsé, van Bommel aura toujours trainé une réputation sulfureuse. Au Bayern, à son arrivée, le Bayern comptait joueurs de fort tempérament comme Oliver Kahn, Hasan Salilhamdzic et lui, que Franck Ribéry allait rejoindre en 2007…
Au dela d’un comportement souvent contestable, Mark van Bommel était réputé pour être très attentionné en dehors du terrain et on ne peut pas oublier qu’il aura été un grand capitaine du FC Bayern, avec une exceptionnelle dignité au moment de l’affaire Ribéry/Zahia, soutenant son partenaire en même temps que son club et son président Uli Hoeness.
Une fois sa carrière terminée (au PSV avec un dernier match qu’il ne terminera pas, étant une fois encore … expulsé), il a disparu de la sphère football avant de revenir en 2018 au même PSV mais en tant qu’entraineur. Après des débuts assez intéressants, van Bommel sera remercié l’année suivante.
Après l’éviction de Niko Kovac, son nom avait circulé comme successeur, la première cible bavaroise (Erik Ten Hagg) n’étant pas libre. Les dirigeants bavarois allaient finalement choisir un certain Hansi Flick entraineur n°3 avec les résultats et la dynamique que l’on connait.
Aujourd’hui, Mark van Bommel vit toujours aux Pays-Bas et n’a pas abandonné l’idée de reprendre une équipe professionnelle. Son nom circule actuellement du côté du FC Utrecht, et il avait aussi été évoqué pour la succession de Dick Advocaat dans le cas où ce dernier venait à être débarqué du Feyenoord Rotterdam actuel 3ème du championnat.